Lúc này được biết đến với tên Fujita Goro, Saito chuyển tới Tonami, tạm sống cùng Kurasawa Heijiemon, tổng quản (karou) phiên Aizu, một người bạn cũ của ông tại Kyoto. Kurasawa là người tham gia vào cuộc di cư của người phiên Aizu và dựng nên khu cư trú cho các đồng hương tại Tonami (nay là quận Aomori). Ở Tonami, Saito đã gặp Shinoda Yaso, con gái một người lão bộc. Kurasawa đã mai mối cho Saito và Yaso kết hôn ngày 25 tháng 8 năm 1871; cặp vợ chồng này vẫn tiếp tục sống ở nhà Kurasawa. Đó là khoảng thời gian Saito bắt đầu có mối liên hệ với Cục cảnh sát. Saito và Yaso chuyển khỏi nhà Kurasawa ngày 10 tháng 2 năm 1873 và bắt đầu sống trong gia đình Ueda. Ngày 10 tháng 6 năm 1874 ông rời khỏi Tonami chuyển tới Tokyo, Yaso chuyển về nhà Kurasawa và những thông tin cuối cùng về bà được ghi lại vào năm 1876, không ai biết chuyện gì xảy ra sau đó. Saito (lúc này là Fujita Goro) bắt đầu công việc của một cảnh sát ở Sở cảnh sát Thủ đô Tokyo (TMPD). Theo những nghiên cứu gần đây, một hôn lễ đã diễn ra giữa Takagi Tokio, con gái trưởng của Takagi Kojuro, một thanh tra cảnh sát và là một tuỳ tùng của cựu lãnh chúa Aizu, với Fujita Goro vào khoảng mùa thu năm 1874 hoặc mùa xuân năm 1875. Chứng kiến hôn lễ bao gồm những cá nhân lỗi lạc của Aizu như Yamakawa Hiroshi, Sagawa Kambee và Matsudaira Katamori. Họ có 3 đứa con trai, Tsutomu, Tsuyoshi và Tatsuo (người đã đi làm con nuôi cho gia đình Numazawa). Ông đã chiến đấu bên cạnh chính quyền Minh Trị trong cuộc nổi loạn của phe Satsuma do Saigō Takamori cầm đầu, trong vai trò một cảnh sát thay vì một quân nhân.

Trong cuộc đời của mình, Saito không tiết lộ bất cứ điều gì về hoạt động của mình ở Shinsengumi như Nagakura Shinpachi đã làm. Tuy nhiên ông đã giúp đỡ Nagakura Shinpachi và Matsumoto Ryoojun lập nên đài tưởng niệm tôn vinh Kondou và Hijikata. Không có bức ảnh nào chắc chắn thực sự là của ông. Bức phác hoạ được biết đến có thể được dựng nên dựa trên hình dáng con trai ông. Tấm ảnh trong bài viết này được lưu lại trong tài liệu của đơn vị cảnh sát mà ông là thành viên, và qua một quá trình chọn lọc loại trừ, bức ảnh còn lại có lẽ giống với Saito Hajime, với tên gọi Fujita Goro nhất. Bức ảnh được tìm thấy tại Yokohama. Saito bắt đầu làm việc cho TMPD từ năm 1876 và được thắng cấp cho tới khi trở thành Cảnh sát trưởng và nghỉ hưu. Về cuối đời, ông làm bảo vệ cho trường Đại học Ochanomizu.

Saito nghiện rượu nặng. Đó có thể là nguyên nhân cái chết của ông vì ung thư dạ dày ở tuổi 71 năm 1915. Theo những gì kể lại, Saito chết khi đang ngồi nghỉ trong một góc phòng khách ở nhà. Mộ của ông nằm tại đền Amitabha ở Nanokamachi, Aizuwakamatsu-shi, Fukushima.